自主招生限制专业的主要原因包括以下几点：

专业方向限制 ：有些学校可能会要求自主招生考生选择与该学校已有的学科方向相关的专业。这是为了确保学生在学习过程中能够得到更好的支持和指导。

年级限制 ：有些学校可能会要求自主招生考生必须在某个年级内申请该专业，比如高中三年级或大学本科一年级。这是为了确保学生已经具备了必要的学术基础和能力。

学科成绩要求 ：有些学校可能会要求自主招生考生在某些学科上的成绩达到一定的标准才能申请该专业。这是为了确保学生在该领域具备足够的能力和潜力。

培养模式差异 ：自主招生录取的学生通常会被纳入特殊的培养计划或班级，这些培养模式可能与普通学生有所不同。如果学生无法适应这种特殊的培养模式，可能会影响他们的学习效果和发展前景。

学校特色和专业优势 ：自主招生一般会有专业限制，具体要求看各校简章。通常这些专业都是学校的重点专业，数量不会太多。由于大部分院校都是按照专业大类填报志愿，具体学习的专业需要入学一年再选择。

吸引优秀学生 ：自主招生是各大高校为了吸引优秀学生的一种优惠政策。通过降分或其他优惠条件录取优秀学生，学校希望这些学生能够在自己的重点专业中表现出色，为学校争光。

综上所述，自主招生限制专业是为了确保学生能够进入与自己兴趣和能力相匹配的专业，同时也有助于学校根据自身特色和重点专业进行选拔和培养。建议考生在参加自主招生时，仔细阅读各高校的招生简章，了解具体的限制和要求，以便做出最适合自己的选择。