自主招生研究生在通过考试并被录取后， 会获得毕业证书和硕士学位证书 。具体来说：

毕业证书 ：自主招生研究生在满足毕业条件后，由报名院校颁发国家承认的本科/硕士毕业证书。

硕士学位证书 ：在获得毕业证书的同时，他们还会获得相应专业的硕士学位证书。

需要注意的是，自主招生研究生与统招生在毕业证书和硕士学位证书的获取上没有区别，都是国家承认的学历和学位。此外，对于在职研究生，如果通过同等学力申硕考试并满足条件，还可以获得硕士学位证书，但通常没有毕业证书。

因此，自主招生研究生最终会获得毕业证书和硕士学位证书，这些证书都是国家承认的，并且可以在教育部备案和学信网查询。