根据最新的检索结果，南京医科大学在江苏省高校中的排名情况如下：

南京医科大学在软科2024年排名中表现优异，位列江苏省第6名，全国第48名，创下医药类高校最佳战绩。然而，在2025年校友会排名中，南京医科大学的排名有所下滑，位列江苏省第16名，全国第104名，与软科排名相比差距较大。

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