学院奖不被学校认可的原因主要有以下几点：

权威性不足 ：学院奖通常由学院或大学内部颁发，虽然可以体现学生的优秀成绩和才能，但其权威性和影响力相对较低，并不被视为省级奖项。省级奖项通常由省级教育部门或相关机构颁发，具有更高的权威性和影响力。

认可范围有限 ：学院奖主要在校内或特定学院范围内认可，而省级或国家级奖项则具有更广泛的认可度。学校可能更倾向于认可那些具有更广泛影响力的奖项，以体现学生在全省或全国范围内的杰出表现。

评选标准不同 ：大学在评选奖学金时，不仅仅依托成绩因素，还会综合考虑学生的各项能力，如思想素养、社会工作、创新创业、志愿服务等。如果学生的思想素养评估不合格，即使成绩第一，也很难拿到国家奖学金。学院奖可能未能全面反映这些综合能力，因此在学校层面不被重视。

学术诚信问题 ：有观点认为，学院奖在某种程度上可能未能有效防止抄袭等不端行为，导致其声誉受损。例如，某届学院奖的获奖作品因采用微博展示方式，使得抄袭作品被迅速发现并受到谴责。此外，评委中命题商客户的分量增加，可能导致评选结果偏向商业利益，进一步损害了学院奖的公信力。

综上所述，学院奖由于权威性不足、认可范围有限、评选标准不同以及学术诚信问题等原因，可能不被学校全面认可。建议学院奖在颁发过程中加强评选的透明度和公正性，提高其权威性和影响力，以更好地激励学生的学术和科研表现。