康尼学院停止招生的原因主要有以下几点：

生源问题 ：随着高考人数的下降，民办院校面临生源不足的问题。康尼学院的招生人数从往年的1500多人减少到400多人，预计到明年将停止招生。

没有独立校区 ：康尼学院没有独立的校区，这对其运营和发展造成了一定的困难。

缺乏投资方 ：民办二级学院在申请转成独立学院的过程中，一般需要具有博士点，而康尼学院不具备这一条件。

政策限制 ：江苏省教育厅和考试院在2013年出台文件，对全省14所非博士点学校的民办二级学院从2015年开始不允许再招生。南京工程学院和金陵科技学院等学校的二级民办学院从2014年开始就不招民办学生了。

综合以上几点，康尼学院由于生源减少、缺乏独立校区、没有投资方以及政策限制等原因，最终选择停止招生。