学校自主招生存在以下问题：

学习负担加重 ：

许多考生和家长将自主招生视为“捷径”，但这种认识是错误的。自主招生需要学生付出巨大的努力和时间，学习强度很大，不是简单的高考准备可以应对的。

对其他科目学习的影响 ：

参与自主招生考试、竞赛等活动会占用大量时间，影响其他科目的学习。这需要学生具备很强的学习能力和时间管理能力。

多次文化课考试 ：

学生需要参加多次文化课考试，增加了考试压力和不确定性。

招生体系缺乏整体性和目标明确性 ：

当前的自主招生体系缺乏整体性和明确的目标，导致考试内容和形式的不均衡，以及公平性问题。

专业招考队伍的缺失 ：

专业招考队伍的缺失影响了自主招生的科学性和公平性。

地区间教育资源的差异 ：

地区间教育资源的差异可能导致机会不均等，农村学生的考试内容和形式可能不公平。

监管不足和透明度低 ：

监管不足和透明度低导致暗箱操作和不正当手段的滋生，威胁公平性。

高考前不得以任何形式开展与自主招生挂钩的考核活动 ：

教育部明确规定，高考前不得以任何形式开展与自主招生挂钩的考核活动，且要严格控制自主招生规模，这限制了高校自主招生的灵活性和多样性。

高校自主招生考核内容不均衡 ：

部分高校组成的笔试联盟被取消，高校自主招生考核内容和方式需要结合本校相关学科、专业特色及培养要求，导致考核内容不均衡。

“校荐”取消后的实际操作问题 ：

尽管教育部明确不能向中学分配推荐名额，但实际操作中，一些高校仍然通过其他方式推荐优质考生，存在规避规定的嫌疑。

竞赛奖项的认定问题 ：

如何认定竞赛奖项是否属于“学科特长”存在争议，不同高校对获奖等级的要求也不尽相同。

综上所述，学校自主招生在选拔具有学科特长和创新潜质的学生方面发挥了重要作用，但同时也存在学习负担加重、对其他科目影响大、招生体系不健全、公平性问题突出等多方面的挑战。建议进一步规范自主招生制度，明确选拔标准和流程，加强监管和透明度，确保公平性和科学性。