部队高校的专业设置主要分为以下几类：

指挥类专业 ：

主要为各军兵种培养军事指挥管理人才，包括排长、连长、营长等军事指挥军官，以及政治指导员、政治教导员等政治指挥官，还有后勤指挥军官等。

具体专业如军事指挥、侦察与特种兵指挥、军事情报、国际关系、外交学、外国语言学、边防情报等。

非指挥类专业 ：

主要为部队培养专业技术人才，包括科学与工程技术专业、空间工程和飞行器系统与工程方向等。

具体专业如机械工程及其自动化、电气工程及其自动化、计算机科学与技术、应用物理学、系统工程、装备经济管理等。

合训分流专业 ：

“学历教育合训、专业训练分流”的培养模式，旨在培养懂技术、会管理、能指挥的复合型初级指挥军官。

航天类专业 ：

如战略支援部队航天工程大学开设的光电信息科学与工程、飞行器动力工程、武器发射工程（航天测发技术与指挥）等。

工程类专业 ：

包括机械工程及其自动化、电气工程及其自动化、计算机科学与技术、应用物理学、系统工程、装备经济管理等。

医学类专业 ：

军医大学的专业设置与地方医科大学相似，如基础医学、临床医学等，同时还设有部队特色的医学专业，如烧伤骨科、航空航天环境生理学、航空航天生物动力学、航空航天心理学、飞行人员医学鉴定学和空军卫生勤务学等。

其他专业 ：

如通信与电子信息类学科专业、网络与指挥信息系统类学科专业、作战工程保障类学科专业、国防工程与防护类学科专业、兵器科学技术类学科专业、装备信息技术类学科专业等。

后勤保障类专业，如后勤综合业务、基层管理、油料、军需物资、军事设施的采购管理与维护、部队的财务审计等。

运输投送、车辆装备保障、军事物资配送等专业领域的人才。

军工特色专业 ：

各院校根据自身特色设有不同的军工专业，如北京航空航天大学的航空航天工程、飞行器设计与工程、飞行器动力工程、材料科学与工程等，北京理工大学的兵器科学与技术、装甲车辆工程、弹药工程与爆炸技术、光电信息科学与工程等，哈尔滨工业大学的航天工程、机械工程、材料科学与工程、控制科学与工程等。

这些专业涵盖了军事指挥、工程技术、医学、后勤保障等多个领域，旨在培养高素质的军事人才，以满足现代战争和国防建设的需求。