学校内部机构的性质主要是 事业单位 。具体来说：

公办学校 ：属于事业单位性质，由国家或地方政府投资和管理，提供义务教育等社会服务。

民办学校 ：属于企业性质，由私人或民间资本投资和管理，自负盈亏，提供教育服务。

中外合作办学机构 ：结合了国内外教育资源和教育方式，提供特色教育服务，其性质也属于事业单位或企业，具体取决于合作方式和资金来源。

此外，学校内部机构还包括党的机构，如党委及其各部门、党总支、党支部等，这些机构既是学校里的行政组织，也是政治组织，因此具有政治性质。

综上所述，学校内部机构主要是事业单位性质，具体性质取决于学校的类型（公办或民办）和办学方式（如中外合作办学）。