昌平区分校区的高校包括：

北京大学 ：

理科分校区

工科分校区（马池口校区）

清华大学 ：

南口镇龙虎台附近

中国政法大学 ：

府学路27号

北京邮电大学 ：

昌平区

北京交通大学 ：

昌平区

对外经济贸易大学北区 ：

昌平区

北京吉利大学 ：

昌平区

北京科技职业学院 ：

昌平区

北方工商管理研修学院 ：

昌平区

北京开放大学昌平分校 （原北京广播电视大学昌平分校）：

东环路88号

北京林业大学昌平校区 ：

提供农林类专业教育

华北电力大学昌平校区 ：

昌平区

北京化工大学（北校区） ：

昌平区

中国石油大学（北京校区） ：

昌平区

中央财经大学 ：

昌平区

北京师范大学 ：

未来科学城-沙河高教园

北京航空航天大学 ：

昌平区

外交学院 ：

昌平区

北京农学院 ：

昌平区

中国人民解放军防化指挥工程学院 ：

昌平区

北京师范大学昌平附属学校 ：

未来科学城-沙河高教园

这些学校在昌平区的分校区涵盖了理、工、文、经、管、法、农、医等多个学科领域，为当地学生提供了丰富的教育资源和良好的学习环境。