南京交通大学的学科设置涵盖了广泛的学科门类，具体包括：

经济学

法学

文学

理学

工学

农学

医学

管理学

艺术

其中，交通运输工程是南京交通大学的特色和优势学科，在教育部的多轮学科评估中表现突出，并被评为国家一级重点学科。此外，南京交通大学还拥有其他多个学科，如土木工程、机械工程、电气工程、材料科学与工程等，这些学科在各自的领域内也具有一定的影响力。