秦淮区的小升初学校主要包括以下几所：

文枢中学初中部

第四十三中学

考棚小学

双塘小学

钓鱼台小学

凤游寺小学

百花巷小学

正学路小学

西街小学

中华中学

第二十七初级中学

第十八中学

夫子庙小学

怡馨花园小学

秦淮区第一中心小学

长乐路小学

东水关小学

小西湖小学（含分校）

马道街小学

武定新村小学

秦淮实验小学

秦淮第二实验小学

七桥小学

南京市钟英中学

南京市游府西街小学

南京市慧园街小学

南京市火瓦巷小学

南京市第三高级中学文昌初中

南京市五老村小学

南京市建康路小学

南京市马府街小学

南京航空航天大学附属初级中学

南京市光华门小学

南京市光华东街小学

南京市鑫园小学

原南京市御道街小学

南京市后标营小学

南京市第五初级中学

南京市石鼓路小学

南京市建邺路小学

南京市府西街小学

南京市朝天宫民族小学

南京第一中学初中部

南京市大光路小学

南京市瑞金路小学

南京市瑞金北村小学

南京秦淮外国语学校

南师大附中行知分校

文昌初级中学

南师附中秦淮科技高中

这些学校涵盖了秦淮区的各个区域，包括西片、中华门外片、东片和红花片等。建议家长和学生根据最新的招生政策和学校施教区范围，选择合适的学校进行填报。