截至2024年，阿图什市的教育机构包括：

普通高中 ：

阿图什市昆山第二小学

阿图什市昆山育才学校

阿图什市第一小学分校

阿图什市第五小学

阿图什市实验小学（克州实验小学）

阿图什市第一小学

阿图什市第三小学（克州三小）

阿图什市昆山育英小学（建设中）

阿图什市第七小学（建设中）

阿图什市第八中学（建设中）

初中 ：

阿图什市昆山第二小学

阿图什市昆山育才学校

阿图什市第一小学分校

阿图什市第五小学

阿图什市实验小学（克州实验小学）

阿图什市第一小学

阿图什市第三小学（克州三小）

特殊教育学校 ：

阿图什市特殊教育学校

幼儿园 ：

阿图什市昆山第二小学

阿图什市昆山育才学校

阿图什市第一小学分校

阿图什市第五小学

阿图什市实验小学（克州实验小学）

阿图什市第一小学

阿图什市第三小学（克州三小）

阿图什市昆山育英小学（建设中）

阿图什市第七小学（建设中）

阿图什市第八中学（建设中）

小学 ：

阿图什市昆山第二小学

阿图什市昆山育才学校

阿图什市第一小学分校

阿图什市第五小学

阿图什市实验小学（克州实验小学）

阿图什市第一小学

阿图什市第三小学（克州三小）

成人教育机构 ：

克州开放大学（原克孜勒苏广播电视大学）

中等职业技术学校 ：

阿图什市中等职业技术学校

高等教育机构 ：

喀什大学

喀什职业技术学院

克孜勒苏职业技术学院

这些学校涵盖了从学前教育到高等教育的各个阶段，为阿图什市及周边地区的学生提供了丰富的教育机会。