军工研究所不招清华毕业生的原因可能有以下几点：

系统院校优先 ：军工科研院所通常优先招收本系统院校的学生，这些院校与军工行业有紧密的联系和合作，能够更好地为研究所输送符合需求的人才。

专业对口 ：军工研究所对专业要求较高，通常只招收与军工领域相关的专业毕业生，而清华大学虽然学科门类齐全，但在某些特定军工专业上可能不如其他专业院校有优势。

就业竞争 ：清华大学作为教育部直属院校，毕业生数量庞大，就业竞争激烈。相比之下，其他军工院校的学生可能面临较少的竞争，更容易获得就业机会。

保密要求 ：军工行业对保密要求极高，招收非本系统院校的毕业生可能面临更大的保密风险和管理难度。

综上所述，军工研究所不招清华毕业生的原因主要是基于系统院校优先、专业对口、就业竞争和保密要求等多方面的考虑。