2025年高考黔东南539分能上的大学包括以下几所：

广东第二师范学院 ：位于广东，历史类，2024年分数/位次未提供。

武汉工程大学 ：具体信息未提供。

甘肃政法大学 ：具体信息未提供。

杭州电子科技大学 ：具体信息未提供。

东华理工大学 ：具体信息未提供。

重庆第二师范学院 ：位于重庆，具体信息未提供。

重庆理工大学 ：位于重庆，具体信息未提供。

赣东学院 ：具体信息未提供。

广西科技大学 ：位于广西，具体信息未提供。

湖南师范大学 ：位于湖南，具体信息未提供。

北部湾大学 ：位于广西，具体信息未提供。

黔东南理工职业学院 ：位于贵州凯里，公办全日制高等职业院校，2024年分数/位次未提供。

建议考生在选择大学时，综合考虑学校的地理位置、专业设置、教学质量、就业前景以及个人兴趣等因素，同时注意学校的学费、住宿条件、奖学金政策等实际问题。