新高考化学学科面临困境的原因主要有以下几点：

学习难度较大 ：化学学科在高中阶段的学习难度较大，涉及复杂的化学反应原理和实验操作，需要学生具备较高的理解能力和应用能力。

赋分制度的影响 ：在新高考模式下，化学采用赋分制度，这使得部分学生觉得即使自己取得了高分，由于竞争对手的实力较强，实际得到的分数可能并不理想。特别是对于那些在化学学科上表现优秀的学生来说，他们在赋分后可能无法拉开与其他学生的差距，甚至可能处于劣势。

专业选择有限 ：虽然化学是许多理工科专业的基础学科，但部分学生对化学相关专业的就业前景和工资待遇持谨慎态度，导致他们更倾向于选择其他看似更容易得分且就业前景更好的学科，如生物或地理。

学生兴趣下降 ：随着化学学习难度的增加，部分学生逐渐失去了对化学的兴趣，甚至希望取消这门学科。这种兴趣的下降进一步影响了学生的选择。

选科组合竞争激烈 ：在选择“物理+化学”这样的组合时，学生需要面对来自学霸的竞争，这对一般学生来说是一个巨大的压力，因此他们更倾向于选择难度较低、竞争相对较小的学科组合。

高考政策的影响 ：不同省份的高考政策有所不同，有些省份的化学学科仍然受到重视，而有些省份则可能出现化学科目不受欢迎的情况。这种政策上的差异也影响了学生的选择。

综上所述，新高考化学学科之所以面临困境，主要是由于学习难度较大、赋分制度的影响、专业选择有限、学生兴趣下降、选科组合竞争激烈以及高考政策的影响等多方面的原因。