985工程的评选 分为两期进行 ，具体如下：

第一期 ：

评选时间 ：1998年5月，分6批进行。

入选院校 ：共有35所院校入选。

首批入选 ：清华大学和北京大学。

后续入选 ：1999年入选7所（中国科学技术大学、南京大学、复旦大学、上海交通大学、西安交通大学、浙江大学、哈尔滨工业大学），2000年入选3所（北京理工大学、南开大学、天津大学），2001年入选18所，2002年入选3所，2003年和2004年各入选2所。

第二期 ：

评选时间 ：2006年。

入选院校 ：共有4所院校入选。

入选院校 ：中央民族大学、国防科技大学、华东师范大学和西北农林科技大学。

综上所述，985工程的评选从1998年开始，分为两期进行，最终共有39所院校入选。