国内拥有教堂的教堂学校包括以下几所：

河北省天主教神学院 （石家庄长安区）

中南神哲学院 （武汉市武昌区）

沈阳天主教神学院 （沈阳市沈河区）

陕西天主教神学院 （西安市雁塔区）

天主教佘山修院 （上海市松江区）

四川天主教神哲学院 （成都市郫县）

北京天主教神哲学院 （北京市海淀区）

中国天主教神哲学院 （北京市大兴区）

金陵协和神学院 （南京市）

燕京神学院 （北京市）

上海华东神学院 （上海市）

北京燕京大学 （拥有教堂，由四所美国及英国基督教教会联合在北京开办）

北京辅仁大学 （创办时设有教堂，是民国时期一所由教会创办的私立大学）

上海圣约翰大学 （前身为圣约翰书院，是中国首个全英语授课的大学，有“东方哈佛”和“外交人才养成所”之雅称）

长沙湘雅医学院 （由雅礼会创办，湘雅医学院内设有教堂）

天津津沽大学 （创办时设有教堂，由天主教法国耶稣会在天津创办）

这些学校中的教堂不仅是宗教活动的场所，也是学校历史和文化的一部分。