学校进行核酸检查时需要保密的原因主要有以下几点：

防止疫情扩散 ：通过多轮规模性的核酸检测，可以尽早发现新冠病例及无症状感染者，实施精准防控，从而有效防止疫情在校园内的扩散。

保护个人隐私 ：核酸检测涉及个人的敏感信息，如健康状况、旅行史等。保密可以防止这些信息被不当泄露，避免给个人带来不必要的困扰或歧视。

遵守法律法规 ：根据相关法律法规，个人健康信息属于隐私范畴，必须受到保护。学校在开展核酸检测时，必须遵守相关法律法规，确保个人信息安全。

维护社会稳定 ：疫情信息的保密有助于维护社会的稳定，避免因信息泄露引发的恐慌和不安。

综上所述，学校进行核酸检查时保密是为了防止疫情扩散、保护个人隐私、遵守法律法规以及维护社会稳定。