高考就业比例高于90%的高校有南京工程学院、中国医科大学和长沙理工大学。

南京工程学院 ：在电力和机械领域具有显著优势，毕业生的就业率超过90%。

中国医科大学 ：作为国内唯一的“国字头”医科院校，毕业生的就业率也超过90%。

长沙理工大学 ：在电气工程、水利工程、交通运输工程等领域表现出色，毕业生的就业率同样超过90%。

这些数据表明，这些学校的毕业生在就业市场上具有较强的竞争力，能够进入知名企业或行业。建议学生在选择高校和专业时，可以优先考虑这些就业率较高的高校。