高考状元主要选择的学校是 北京大学和清华大学 。北京大学在近45年的高考历史中，共收获了896名状元的选择，位居全国第一。清华大学则以736名高考状元的入学，位居全国第二。这两所高校几乎囊括了我国绝大部分高考状元，无论是文科还是理科状元，他们最终大多数都选择了这两所国内顶尖高校。

此外，复旦大学和中国科技大学也分别有55名和1名状元选择，位列第三和第四位。其他如香港大学、上海交通大学、浙江大学、中国人民大学、南京大学和北京交通大学等也有状元选择，但数量相对较少。

综合来看， 北京大学和清华大学 是高考状元的首选，这两所高校的学术实力、教育资源和社会影响力都是最突出的。