上海自主高考的原因主要有以下几点：

高考改革试点的需要 ：上海作为全国第一批高考综合改革试点省市之一，需要自主命题来适应其特有的高考改革方案。

地方教育特色和实际情况 ：由于上海的高中教材、课程设置与其他省市存在差异，自主命题可以更好地反映本地的教育特色和实际情况。

减轻学生负担和提高教学质量 ：上海曾提出单独高考命题，旨在减轻学生负担，并通过会考减少高考科目，从而提高中学教学质量。

维护教育公平 ：尽管存在呼声要求全国使用统一试卷，但自主命题在一定程度上为特定省市提供了“保护色”，避免了外界对其教育质量的直接质疑，从而维护了高考制度的公平性。

教育管理的放权 ：高考分省命题是教育管理的放权之举，有利于体现地方特色，便于高校有针对性地选拔人才。

历史沿革 ：上海自1985年起便开始实施自主命题，拥有悠久的自主命题历史，这一传统也为其继续自主命题提供了依据。

综上所述，上海自主高考的原因是多方面的，包括高考改革试点的需要、地方教育特色和实际情况、减轻学生负担、维护教育公平、教育管理的放权以及历史沿革等。这些因素共同促成了上海继续实行自主命题的制度。