《三体》小说被学校禁的原因主要有以下几点：

文学价值与严肃文学的争议 ：科幻小说在文学价值方面与严肃文学相比存在一定的争议。科幻小说通常情节推进迅速，人物刻画较为“标签化”，而《三体》虽然情节宏大，但人物刻画深刻，有例外之处。

星际歧视的担忧 ：有观点认为，《三体》中的“黑暗森林”观点带有星际歧视的意味，容易使读者形成对外星人的偏见，认为外星人天生就是坏的，这种观点可能给地球带来负面影响。

内容对未成年人的影响 ：《三体》的故事设计宏大，结局震撼悲观，且涉及一些批判性内容，这些可能对三观尚未健全的未成年人产生不利影响。此外，小说中的人性描写较为黑暗，可能对其身心发展造成影响。

科学理论的深奥性 ：《三体》融合了科幻、历史、哲学等多元素，涉及的科学概念深奥，可能让部分读者感到难以理解和接受。

暴力和消极情绪的描绘 ：小说中不乏暴力和消极情绪的描绘，这些内容虽然对塑造故事氛围和角色性格有重要作用，但也可能对某些读者产生不良影响。

综上所述，学校禁读《三体》的原因主要涉及其文学价值、星际歧视的担忧、对未成年人的影响、科学理论的深奥性以及暴力和消极情绪的描绘等方面。