民办学校应缴纳的税费主要包括以下几项：

增值税 ：

免征情况 ：从事学历教育的民办学校提供的教育服务免征增值税。学历教育包括初等教育、初级中等教育等。

应税情况 ：除教育服务收入外，民办学校的其他收入如社会投资、赞助等需按规定缴纳增值税。未准确区分应税与免税收入可能导致少缴或多缴增值税。

企业所得税 ：

收入确认 ：民办学校的收入确认时点、扣除凭证、利息扣除相关规定以及期间费用的扣除标准需遵循相关税收政策。

非营利性与营利性区分 ：税收政策对营利性与非营利性民办高校区分不明确，部分非营利性高校未进行税务备案却按非营利标准筹划，易引发税务稽查风险。

附加税 ：

城建税、教育费附加、地方教育费附加 ：这些附加税是对缴纳增值税和消费税的单位和个人征收的，属于税上税。具体税率根据纳税人所在地不同，城建税税率分为7%（市区）、5%（县城和镇）、1%（乡村）。

房产税及城镇土地使用税 ：

免征情况 ：非营利性民办学校自用的房产、土地享受与公办学校同等的税收优惠政策，免征房产税和城镇土地使用税。

应税情况 ：若民办学校将房产或土地用于对外承包、出租等非自用用途，则需缴纳房产税和城镇土地使用税。

印花税 ：

应税凭证 ：民办学校的应税凭证包括合同、账簿等，具体行为涉及印花税的缴纳需参照相关税收政策。

残保金 ：

缴纳标准及减免规定 ：残保金的缴纳标准和减免规定需遵循相关政策，常见误区包括未正确申报残保金。

建议

民办学校应严格遵守国家税收法规，准确区分应税与免税收入，确保税务申报的准确性和合规性。同时，学校应关注税收政策的变化，及时调整税务筹划，以降低税务风险。建议民办学校聘请专业的税务顾问，提供专业的税务咨询服务，确保税务处理的准确性和合法性。