上海中科院，即中国科学院上海分院， 是上海市属高校 。尽管它在建立初期打着中科院的旗号进行办学，但实际上它是中国科学院的共建单位，而非中科院直属的高校。中科院直属的高校只有两所：中国科学技术大学和中国科学院大学。

上海中科院的主要职能是联系和管理中国科学院在上海、浙江和福建地区的研究院所工作，其科研业务工作归口中国科学院，日常行政工作则受上海市领导。尽管中国科学院大学既不是985也不是211，但这并不妨碍其地位之高。