学校电费分两次交的原因可能有以下几点：

系统清算延误 ：电费扣除可能因为系统还未完成当月的清算，导致扣款时间出现延误。

重复收费 ：有时可能会出现重复收取电费的情况，这种情况下，多收的费用会在次月退还到用户的银行账户中。

缴费时间错开 ：为了避免与银行卡扣款时间冲突，有时会选择在每月的不同日期进行缴费，从而可能导致一个月内扣款两次。

抄表周期与电费结算周期 ：国家电网的用电客户抄表和缴费周期通常为每月一次，但在某些特殊情况下，如包含跨年度的时间段，可能需要分别结算上半年和下半年的电费，因此会出现一个月内交两次电费的情况。

特殊情况 ：如户主更换、电表损坏、电表误差等原因，也可能导致需要额外交纳电费，从而需要分两次缴费。

建议：

核对账单 ：用户应认真核对每一笔电费账单，确保没有重复收费的情况。

及时沟通 ：如果发现电费账单有误，应及时与供电公司联系进行咨询和更正。

合理安排缴费时间 ：为了避免与银行扣款时间冲突，可以提前规划好缴费时间，确保扣款顺利进行。