庚子退款用于中国的教育事业，兴办了很多高等院校。其中， 清华大学 是庚子赔款的一个重要项目。美国用庚子赔款创办了清华学堂，1928年又在此基础上成立了清华大学。此外，还有燕京大学等12所教会大学也获得了庚子赔款的支持。

山西大学也是庚子赔款的一个项目。英国传教士李提摩太利用庚子赔款的一部分，在山西建立了山西大学堂。

此外，庚子赔款还用于支持其他几所大学的建立，包括北洋大学（今天津大学）、东南大学（今南京大学）、南洋公学（今新加坡国立大学）、京师大学堂（今北京大学）、河南大学（今华北电力大学）、福建大学和辅仁大学（今复旦大学）。

这些大学的建立，极大地促进了中国高等教育的发展，提高了教育质量，培养了大量的人才。