选择注册监理工程师专业时，可以考虑以下几个方面：

工作需求：

选择与自己工作领域相关的专业，有利于备考和实际工作中的应用。例如，如果你从事房屋建筑工程，那么选择土木建筑工程专业将更为合适。

市场需求：

了解所在地区的监理市场需求，选择热门专业可以提高就业竞争力。根据近年来的数据，土木建筑工程和交通运输工程专业的需求量较大，而水利工程专业的需求相对较小。

专业难度：

虽然监理工程师三个专业的考试难度基本相当，但可以根据自己的专业背景和学习经验来选择。例如，如果你对土木建筑工程更为熟悉，那么选择该专业可能会更加得心应手。

注册和变更专业：

在注册监理工程师时，可以根据自己的从业领域和经验选择注册专业。例如，选择注册公路工程或水运工程专业类别后，还可以在道路与桥梁、隧道工程、公路机电工程、港口工程、航道工程、水运机电工程等专业中选择注册2个专业。

个人职业规划：

考虑自己的长期职业规划，选择与之相符的专业。例如，如果你计划从事市政或房建方向的监理工作，那么选择土木建筑工程专业将更为合适。

综合以上几点，建议：

如果你已经在某一领域有丰富的工作经验，并且希望在该领域继续发展，那么选择与之相关的专业会更加有利。

如果你希望进入市场需求较大、就业前景较好的领域，可以考虑土木建筑工程或交通运输工程专业。

如果你对水利工程感兴趣，并且希望在该领域发展，那么选择水利工程也是一个不错的选择，尽管竞争压力相对较小。

最终的选择应结合你的实际情况和职业规划，做出最适合自己的决定。