曲阜市拥有多所知名的高等教育机构，其中包括：

曲阜师范大学 ：简称曲阜师大，位于山东省曲阜市，是全国首批招收研究生高校、山东省重点大学、山东省一流学科建设高校、推荐免试攻读硕士研究生高校、教育部实施卓越中学教师培养高校、教育部师德师风建设基地，入选山东省应用型人才培养特色名校、教育部中外高水平大学学生交流计划、全国创新创业教育典型经验高校、全国文明校园、山东省高水平大学，为国家首批公布的200所招收外国留学生的本科院校之一。

济宁学院 ：也位于曲阜市，是一所综合性大学，始建于1951年。

齐鲁理工学院 ：虽然也位于山东，但并未明确提及其在曲阜市是否设有分校或校区。

曲阜远东职业技术学院 ：是一所专科院校，提供专科教育。

这些学校在学术研究、学生竞赛和创新项目上均有不俗表现，为曲阜培养了众多优秀人才。曲阜师范大学尤其在创新创业方面成绩显著，连续多年获得国家级大学生创新创业项目，与国内顶尖高校并肩。