学校的主管部门为教育行政部门 ，具体包括教育部、教育厅或教育局。教育行政部门负责学校的业务工作，贯彻落实上级对于学校的方针政策，并负责教师的调配、评级以及培训等工作。

对于985大学等高层次大学，其主管部门为国务院管理；而地方大学则直属地方省（直辖市、自治区）管理。此外，还有一些特殊类型的学校，如军队院校，其主管部门为军队管理。

综上所述，可以得出结论：

教育部 ：直属管理985大学等高层次大学。

教育厅或教育局 ：管理地方大学和其他类型的教育机构。

国务院 ：间接管理985大学等高层次大学。

地方省（直辖市、自治区） ：直接管理地方大学。

军队 ：管理军队院校。