在怀柔进行军训的大学包括：

北京大学 ：在2008年和2009年，北京大学的本科生在怀柔学生军训基地进行了军训。

航空航天大学（原装备指挥学院） ：这是一所主要培养装备指挥管理人才和为国防科研、军事航天系统培养高级工程技术人才的教学科研型中级指挥院校。

建议：

北京大学 的学生在怀柔军训基地进行军训的时间较早，具体细节可能需要进一步确认。

航空航天大学 （原装备指挥学院）作为主要的军事院校，在怀柔军训基地的培养方向和目标非常明确，适合需要进行军事训练的学生。