同济大学在其发展历程中，合并了多所高校的相关专业或整体。具体包括以下学校：

上海铁道大学 及其前身上海铁道学院在1996年合并，并在2000年4月11日完全并入同济大学。

上海城建学院 在1996年并入同济大学。

上海建材学院 在1996年并入同济大学。

上海航空工业学校 在2003年划归同济大学管理。

江南工学院 （原名南洋公学）在1952年全国院系调整后并入同济大学。

同济医学院 （原名上海德和医院医学堂）在1952年全国院系调整后并入同济大学。

上海交通大学 的农学院在1999年并入上海交通大学，但此信息与同济大学合并无关。

上海第二医科大学 与上海交通大学在2005年合并，成立上海交通大学医学院，此信息也与同济大学合并无关。

圣约翰大学 的相关专业在1952年并入同济大学。

复旦大学 的工程测量专业、公路与城市道路专业在1952年并入同济大学，同时上海第一医科大学与复旦大学达成合并意向，但此信息也与同济大学合并无关。

综上所述，同济大学主要合并了上海铁道大学、上海城建学院、上海建材学院、上海航空工业学校、江南工学院和同济医学院等学校。这些合并使得同济大学的学科实力，尤其是在建筑学和土木工程等专业上，得到了极大的增强。