报考制药工程专业时，可以考虑以下几所全国排名前三的学校：

天津大学 （位于天津）

四川大学 （位于成都）

中国药科大学 （位于南京）

此外，全国排名前十的学校还包括：

华东理工大学 （位于上海）

大连理工大学 （位于大连）

北京化工大学 （位于北京）

北京理工大学 （位于北京）

中南大学 （位于长沙）

西安交通大学 （位于西安）

华南理工大学 （位于广州）

这些学校在全国的制药工程专业中都有很高的声誉和排名，具体选择哪一所学校，可以根据个人的兴趣、地理位置、以及职业规划等因素进行综合考虑。