南京市莫愁中等专业学校开设的专业包括但不限于以下几类：

五年一贯制专科专业 ：

药物制剂技术

移动互联

现代商贸

文物修复与保护

连锁经营与管理

电子与信息技术

电子商务

酒店服务与管理

电脑美术设计

药品质量检测技术

医用电子仪器与维护

动漫设计与制作

古籍修复

机电技术应用

文物鉴定

高星级饭店运营与管理

通信技术

商务管理

计算机平面设计

中药制药技术

药品质量与安全

移动互联网技术

艺术设计

3+3中高职衔接综合高中 ：

制药专业

非物质文化遗产专业

信息工程系专业

商贸旅游系专业

三年制中专 ：

护理

会计电算化

汽车维修与检测

旅游服务与管理

这些专业涵盖了医药卫生、信息技术、商贸旅游、文化艺术等多个领域，为学生提供了多样化的学习选择和发展方向。