南京高新区内有多所知名学校，包括：

东南大学

南京航空航天大学

河海大学

中国药科大学

南京医科大学

南京外国语学校

南京市第三十六中学

南京外国语学校附属中学

南京师范学院附属中学

济南高新实验中学

济南高新第一实验学校

南京师范大学集美高新实验学校

南京市金陵中学高新分校

南京实验国际学校

南京市江宁高新区中学（苏派教育实验学校）

这些学校涵盖了从小学到高中的各个阶段，并且都有各自的优势和特色。南京高新区还与东南大学等多所高校合作，推动高校自主知识产权在园区内转化，进一步促进了区域内的教育合作与发展。