仓山区的初中学校包括以下几所：

福州第十六中学 ：福建省级初中示范校，前身是“毓英女子寄宿学校”，创办于1859年，有着浓厚的历史底蕴和优良的传统。

福州金山中学（三中金山校区） ：近年来成绩显著，成为热门的学区房，对口金山小学。

福州华南实验中学 ：仓山区的一所优质学校。

福州市第四十中学 。

福州英才中学 ：创办于1996年，长期与福州第十六中学联合办学。

福州市第三十九中学 ：1981年创办，地处仓山区上渡街道。

福州第二十九中学 ：仓山区教育局公办。

福州市仓山区金港湾学校 ：九年一贯制学校，仓山区教育局公办。

福建省福州第十二中学 ：仓山区教育局公办。

福州时代中学 ：1994年由福建师大附中创办的一所民办学校。

福州超德高级中学 ：由福州高级中学和澳籍华人欧菊如女士联合创办的一所全日制普通高中。

福州市仓山区农村初中 ：包括二十一中、三十中、城门中学、盘屿中学、螺洲中学、永南中学等。

福州市仓山区实验中学 ：创建于2019年，学校建筑面积25605.3平方米。

仓山区实验中学金山分校 ：创建于2018年，学校占地49.62亩，建筑面积26952平方米。

这些学校中，福州第十六中学、福州金山中学（三中金山校区）、福州华南实验中学和福州市第四十中学等被认为是仓山区的优质学校。此外，福州时代中学和福州超德高级中学也是仓山区知名的民办学校。