南浔区目前有以下高校：

浙江水利水电学院 ：

类型 ：特色鲜明的工科类应用型本科高校

管理 ：由浙江省水利厅与浙江省教育厅共同管理

共建 ：国家水利部与浙江省人民政府共建

校区 ：南浔校区位于浙江省湖州市南浔区，总投资约25亿元人民币，规划建设用地约1000亩，远期规划办学规模约15000人。

浙江同济科技职业学院 ：

类型 ：全日制高等职业学院

特色 ：以水利水电、建筑艺术类专业为特色

目标 ：培养生产、建设、管理一线需要的高端技能型专门人才。

此外，南浔区人民政府与上海对外经贸大学进行了地校合作签约仪式，预示着未来可能会有更多的合作项目和高等教育机构入驻南浔。