北京大学的学院设置主要分为几个学部，每个学部下面包含若干学院。具体学院设置如下：

理学部 ：

数学科学学院

物理学院

化学与分子工程学院

生命科学学院

城市与环境学院

地球与空间科学学院

心理与认知科学学院

建筑与景观设计学院

信息与工程科学部 ：

信息科学技术学院

工学院

计算机科学技术研究所

软件与微电子学院

环境科学与工程学院

软件工程国家工程研究中心

人文学部 ：

中国语言文学系

历史学系

考古文博学院

哲学系（宗教学系）

外国语学院

艺术学院

对外汉语教育学院

歌剧研究院

社会科学学部 ：

国际关系学院

法学院

信息管理系

社会学系

政府管理学院

马克思主义学院

教育学院

新闻与传播学院

体育教研部

新媒体研究院

教育财政科学研究所

经济与管理学部 ：

经济学院

光华管理学院

人口研究所

国家发展研究院

医学部 ：

基础医学院

药学院

公共卫生学院

护理学院

医学人文学院

医学继续教育学院

第一医院

人民医院

第三医院

口腔医院

北京肿瘤医院

第六医院

深圳医院

首钢医院

国际医院

滨海医院

跨学科类学部 ：

-元培学院

信息科学技术学院

工学院

临床医学专业

这些学院涵盖了理学、工学、人文学、社会科学、经济管理、医学和跨学科类等多个领域，体现了北京大学作为一所综合性大学的学科优势。