国家社科基金限额申报的主要原因包括：

名额分配 ：国家社科基金的申报总数是固定的，这些名额会提前分配给各省和高校。如果申请书没有通过学校或省级筛选，就不会上报到全国基金委，因此也就无法参与通讯评审或会议评审。

权力与寻租空间 ：限额制度旨在扩大省级社科规划办的权力和寻租空间，使得省级社科规划办的领导有更多的决策权。

提高项目质量 ：国家限额的初衷可能是为了提高申报项目的质量，但在实际操作中，这种限额制度可能导致一些有才华的研究者因为学院名额有限而失去申报机会，这对其职称评价机制中的项目和论文两条腿都构成了不利影响。

资源分配的公平性 ：由于名额限制，一些项目可能因为人脉关系和学术势力等因素而被提前预留或优先推荐，导致公开竞争和资源配置不够公正透明。

综上所述，国家社科基金限额申报是为了在有限的资源下，通过省级筛选和权力分配，既提高项目质量，又能在一定程度上保持资源分配的公平性。然而，这种制度也带来了一些负面影响，如可能限制了部分有才华的研究者的申报机会，以及导致资源分配的不够公正透明。