上海高考单独命题的原因主要有以下几点：

高考改革试点的需要 ：上海作为全国第一批高考综合改革试点省市之一，需要自主命题来适应其特有的高考改革方案。

地方教育特色和实际情况 ：由于上海的高中教材、课程设置与其他省市存在差异，自主命题可以更好地反映本地的教育特色和实际情况。

减轻学生负担和提高教学质量 ：上海曾提出单独高考命题，旨在减轻学生负担，并通过会考减少高考科目，从而提高中学教学质量。

维护教育公平 ：尽管存在呼声要求全国使用统一试卷，但自主命题在一定程度上为特定省市提供了“保护色”，避免了外界对其教育质量的直接质疑，从而维护了高考制度的公平性。

教育管理的放权 ：高考分省命题是教育管理的放权之举，有利于体现地方特色，便于高校有针对性地选拔人才。

适应地方需求 ：上海的高考科目设置和考试形式（如英语听说考试）更符合当地的教育需求和社会发展。

历史惯例 ：上海从1985年开始自主命题，已有37年的历史，形成了相对独立的高考体系，对其他省市的影响较小。

综上所述，上海高考单独命题是为了更好地适应地方教育特色和改革需求，减轻学生负担，提高教学质量，并维护教育公平。