植物保护专业主要包括以下二级学科：

植物病理学 ：研究植物病害的发生、传播和防治，涉及植物病毒、细菌、真菌等病原体。

农业昆虫与害虫防治 ：研究害虫的发生规律和防治技术。

农药学 ：研究农药的开发、应用及其对植物和环境的保护作用。

入侵生物学 ：研究外来入侵物种对本地生态系统的影响及防治策略。

种质资源保护与利用 ：研究植物遗传资源的保护和可持续利用。

生物安全 ：研究生物技术和生物制品的安全性问题。

植物检疫与农业生态健康 ：研究植物检疫和农业生态系统的健康维护。

杂草学 ：研究农田杂草的发生、控制和利用。

有害生生物与环境安全 ：研究有害生物对环境和人类健康的影响及其防控措施。

菌物学 ：研究真菌及其相关生物。

农产品安全 ：研究农产品的质量安全和有害物质的检测与控制。

应用真菌学 ：研究真菌在农业、医学等领域的应用。

转基因生物安全学 ：研究转基因生物的安全性和环境影响。

生物防治学 ：研究利用生物方法防治害虫和病害。

这些专业在研究生阶段提供相应的学位课程，属于农学学科门类中的一级学科。