广州航海学院设有多个院系，以下是部分院系的列表：

海运学院

轮机工程学院

船舶与海洋工程学院

港口与航运管理学院

信息与通信工程学院

航运经贸学院

艺术设计学院

外语学院

马克思主义学院

创新创业学院

公共体育教学部

基础人文社科部

继续教育学院

船员培训中心

此外，学校还有其他一些特色学院和专业，例如：

国际邮轮游艇学院

旅游管理（游艇休闲管理）

旅游管理（国际邮轮管理）

邮轮工程与管理

国际商务

财务管理

电子商务（跨境电商）

金融学（航运金融）

数字媒体艺术（衍生品设计、空间设计）

工程管理

这些院系和专业涵盖了工、经、管、法等多个学科领域，体现了广州航海学院以工见长，多学科协调发展的办学特色。