南京审计大学设有多个学院，主要与审计相关的学院包括：

内部审计学院 ：主要指向数智审计和国际内部审计IAEP方向。

政府审计学院 ：主要指向资源环境审计和政府审计方向。

社会审计学院 ：主要指向ACCA和CMA。

中审学院 ：主要指向中国注册会计师（中国注会）。

工程审计学院 ：主要指向工程审计方向。

此外，学校还有其他学院支持其他学科领域的发展，例如：

会计学院 。

金融学院 。

工商管理学院 。

公共经济学院 。

管理科学与工程学院 。

信息工程学院 。

外国语学院 。

这些学院和研究院共同构成了南京审计大学的学科专业体系，支持学校的全面教育和研究活动。