医药工程大学的专业设置涵盖了多个领域，主要包括以下专业方向：

生物医学工程 ：授予理学或工学学位，修业年限为四年或五年。

假肢矫形工程 ：授予工学学位，修业年限为四年。

临床工程技术 ：授予工学学位，修业年限为四年。

康复工程 ：授予工学学位，修业年限为四年。

生物制药工程 ：利用生物技术进行药物研发和生产。

新药发现与代谢调控 ：研究新药的开发和代谢过程。

天然产物和细胞培养工程 ：涉及天然产物提取和细胞培养技术。

制药工程与装备 ：涉及制药设备的研发、制造和维护。

制药分离工程 ：研究药物的分离技术。

中药现代化工程 ：涉及中药的现代化研究和生产。

现代药物制剂工程 ：研究药物的制剂技术。

药物化学 ：研究药物的合成、结构和活性。

药物分析 ：涉及药物的成分分析、质量分析和安全性评估。

临床药学 ：研究药物的临床应用和疗效评估。

制药工艺 ：涉及药物的生产、质量控制和管理。

药物研发 ：研究新药的研究、开发和上市。

药理学 ：研究药物作用机制和效果。

生物工程 ：利用生物技术进行物质转化和制造。

医疗设备 ：涉及药物研发和生产中的设备研发、生产和维护。

化学工程与工艺 ：研究化学工业的过程和操作。

资源循环科学与工程 ：研究资源的循环利用和环境保护。

此外，一些医药工程大学还设有其他相关专业，例如：

药学院 ：负责药学相关专业的教学和研究。

中药学院 ：专注于中药学及相关领域，如中药资源与开发、中药制药等。

生命科学与技术学院 ：涵盖药学（国家生命科学与技术人才培养基地）、生物制药、生物技术等。

国际医药商学院 ：涉及工商管理（医药方向）、国际经济与贸易（医药方向）、市场营销（医药方向）等。

基础医学与临床药学学院 ：结合基础医学与临床药学，培养具备临床药学知识的人才。

理学院 ：包括信息管理与信息系统等，提供理科基础教学。

工学院 ：涵盖制药工程、食品质量与安全、环境科学等工程类专业。

这些专业方向为毕业生提供了广泛的就业机会，包括药品研发、生产、质量控制、设备维护、销售和管理等领域。