清华大学生物专业主要包括 生物学一级学科和海洋生物学二级学科 ，具体的研究方向有：

膜分子生物学

分子生物物理学

结构生物学

蛋白质组学

分子酶学

分子免疫学

分子细胞生物学

发育生物学

神经生物学

微藻生物学

海洋生物学

生物信息与系统生物学

蛋白质药物

生物芯片

微生物学与发酵工程

植物分子生物学与基因工程

生物医用材料与组织工程

中药现代化与生物制剂

此外，清华大学生物医学工程专业也颇具特色，它源于1979年创建的清华大学电机工程系，并在2001年调整到医学院，成为具有学士、硕士及博士授予权的一级学科。