南京师范大学拥有众多机构，以下是一些主要的机构分类：

四大组织 ：

校学生会

校科协（科学技术协会）

校青协（青年志愿者协会）

社联（社团联合会）

培训中心 ：

南京师范大学商学院培训中心（EDP）

附属学校 ：

南京师范大学中北学院

南京师范大学泰州学院

南京师范大学泰州科技学院

南京师范大学紫金学院

南京师范大学亚太学院

南京师范大学附属中学

南京师范大学附属小学

社团 ：

南师天文社

文科重点机构 ：

教育科学研究院

课程与教学研究所

教学机构 ：

南京师范大学教师教育研究所

南京师范大学教师教育实训中心

中学语文教育研究室

中学数学教育研究室

中学英语教育研究室

中学物理教育研究室

中学化学教育研究室

中学生物教育研究室

中学思政教育研究室

中学历史教育研究室

中学地理教育研究室

治学机构 ：

学生工作委员会

科研机构 ：

南京师范大学基础教育研究中心

南京师范大学数字化教育评价研究中心

江苏省小学跨界学习研究所

其他 ：

南京师范大学文学院 （支柱院系，拥有“江南文枢”的美誉）

这些机构涵盖了学生会、学术科研、教育培训、学生社团、附属学校等多个方面，为南京师范大学的教育事业和学术发展提供了全面的支持。