基础医学学科涵盖了多个领域，主要包括以下二级学科：

医学遗传学与细胞生物学

生物化学及分子医学

病理、生理及病理生理学

免疫与病原生物学

人体解剖与组织胚胎学

生理学

病理学

药理学

微生物学与免疫学

病原生物学

法医学

放射医学

这些学科相互关联，共同揭示人体生命活动的奥秘以及疾病的本质，为临床医学的发展提供理论支持和实验依据。