控制理论的研究机构包括但不限于以下这些：

中科院自动化研究所 ：成立于1956年，是中国最早成立的国立自动化研究机构，专注于智能技术、复杂信息的智能计算、复杂系统的智能控制、集成化智能系统的研究。

中科院沈阳自动化研究所 ：始建于1956年，是从事国防技术研究的大型综合性研究所，集光机电一体，技术力量雄厚。

清华大学 ：作为国内顶尖高校，清华大学在控制理论领域有深入的研究，涵盖多个研究方向。

上海交通大学 ：同样作为国内一流大学，上海交通大学在控制理论及其工程应用方面有显著的研究成果。

东北大学 ：拥有控制理论与导航技术研究所，研究网络系统控制、复杂系统、非线性控制、容错控制、切换控制及模式识别等。

华中科技大学 ：在控制理论领域有多个研究团队，涉及复杂系统的控制、智能控制等方向。

浙江大学 ：其智能系统与控制研究所（原浙江大学先进控制研究所）设有多个研究室和研究中心，如过程控制与优化、机器人技术等。

北京控制工程研究所 ：原为中国科学院自动化研究所，现隶属中国空间技术研究院，专注于航天器制导、导航与控制（GNC）系统的研究。

西安现代控制技术研究所 ：始建于1956年，是从事国防技术研究的大型综合性研究所。

过程控制工程研究所 ：前身为成立于1956年的“热能动力装置自动化教研组”，后更名为“过程控制工程研究所”，2020年更名为“控制与决策研究所”。

控制与决策研究所 ：依托“控制理论与控制工程”二级学科建设，主要应用研究领域包括大型石化工厂和钢铁企业、无人机、轨道交通、深海载人潜水器、大型特种装备等。

制工程研究所 ：隶属于电子与信息工程学院，是“控制理论与控制工程”二级学科依托单位。

这些研究机构和研究团队在控制理论及其相关领域有着深入的研究和丰富的成果，涵盖了从基础理论到工程应用的多个方面。建议根据具体研究方向和需求，选择合适的机构进行进一步的探索和学习。