南开大学设有多个学院，涵盖广泛的学科领域。具体学院如下：

文学院

历史学院

哲学院

外国语学院

法学院

政府管理学院

马克思主义学院

汉语言文化学院

经济学院

商学院

旅游与服务学院

金融学院

数学科学学院

物理科学学院

化学学院

生命科学学院

计算机与控制工程学院

电子信息与光学工程学院

环境科学与工程学院

医学院

软件学院

泰达学院

泰达生物技术研究院

泰达应用物理研究院

经济与社会发展研究院

药学院

材料科学与工程学院

日本研究院

金融发展研究院

国家经济战略研究院

这些学院分布在八里台、津南和泰达三个校区，学科门类覆盖文、史、哲、经、管、法、理、工、农、医、教、艺等。