福建工程学院的王牌专业主要包括以下几个：

土木工程 ：这是福建工程学院历史最久、实力最强、人数最多、师资最强、就业最好的专业，在福建省内及业内具有很高的声誉。

工程造价 ：该专业在福建省内及业内也有很高的认可度。

电气工程及其自动化 ：这个专业培养具备电气工程领域相关的基础理论、专业技术和实践能力，就业前景广阔。

交通运输工程 ：在福建省内及业内具有很高的声誉。

材料科学与工程 ：该专业在福建省内及业内也有很高的认可度。

机械工程 ：该专业在多个排名中均有提及，显示出其在学校的王牌地位。

管理科学与工程 ：同样在多个排名中提及，表明其在学校的王牌地位。

建筑学 ：该专业入选国家级一流本科专业建设点，显示出其在学校的王牌地位。

城乡规划 ：该专业入选国家级一流本科专业建设点，显示出其在学校的王牌地位。

计算机科学与技术 ：该专业入选国家级一流本科专业建设点，显示出其在学校的王牌地位。

软件工程 ：该专业入选国家级一流本科专业建设点，显示出其在学校的王牌地位。

给排水科学与工程 ：该专业入选国家级一流本科专业建设点，显示出其在学校的王牌地位。

通信工程 ：该专业入选国家级一流本科专业建设点，显示出其在学校的王牌地位。

车辆工程 ：该专业入选国家级一流本科专业建设点，显示出其在学校的王牌地位。

环境工程 ：该专业在多个排名中提及，表明其在学校的王牌地位。

这些专业在福建省内及业内均具有较高的声誉和认可度，是福建工程学院的王牌专业。建议学生在选择专业时，可以优先考虑这些专业，以获得更好的学术和职业发展机会。