上海交通大学拥有多个研究院，以下是一些主要的研究院：

上海交大密西根学院巴黎卓越工程师学院

上海交大-南加州大学文化创意产业学院

中欧国际工商学院中英国际低碳学院研究院

基础研究系统生物医学研究院

自然科学研究院

转化医学研究院

合肥肿瘤早筛创新技术研究院

上海交大工业技术创新研究院

上海交通大学海南研究院

上海交通大学内蒙古研究院

船舶与海洋工程设计研究所

新型船舶与海洋结构物开发研究所

结构力学研究所

国家海洋局打捞救助中心

水声工程研究所

水下工程研究所

动力装置及自动化研究所

港口与水利工程研究所

海岸与水利工程研究所

海上装备与系统研究所

上海市海洋工程科普基地

交通研究中心

固体力学与工程结构强度研究所

安全与防灾工程研究所

岩土力学与工程研究所

空间结构研究中心

隧道与桥梁工程研究所

航天器动力学与控制研究所

核电新型结构安全与耐久联合试验中心

建筑工业化研究中心

政府和社会资本合作研究中心

流体力学与工程仿真研究所

上海交通大学BIM研究中心

结构工程研究所

中国海事局海上事故调查联合实验室

上海交大-千叶大学国际合作研究中心

工程管理研究所

环境岩土工程研究所

上海交通大学深水工程技术研究中心

智能交通和无人机应用研究中心

这些研究院涵盖了多个学科领域，包括工程、医学、文化创意、人工智能、海洋工程等，体现了上海交通大学在科研和人才培养方面的多元化和综合性。